3. Почему у меня не получается сохранить результат редактирования в SOR файл? Результат сохраняется в файл ENC.

Потому что версия Standart Edition, выложенная на сайте, сохраняет файлы только в формат ENC. Для сохранения файлов непосредственно в SOR-формат необходимо пользоваться версией Full Edition. Подробнее о том, как получить откорректированный файл в формате SOR, можно почитать Здесь.